射阳湖原本是里下河区域最大的湖泊，与运西湖泊情况相同，也是海退以后形成的泻湖。明清时期射阳湖发生了很大变化，这种变化与运西诸湖截然相反。
射阳湖的水面不但没有扩大，反而逐渐萎缩，如今仅剩下了零星水面和沼泽。这种局面的造成也与治理黄淮、诸湖以保运道的政策有直接关系。春秋战国时期江淮之间湖泊众多，沼泽相连，乃水乡泽国。
诸湖泊中尤以射阳湖最大，湖又深又阔，能承载诸州邑之水，而后东排入海。射阳湖在今山阳县东七十里，宝应县东六十里，盐城县西一百二十里。汉广陵王胥有罪，其相胜之奏夺王射陂，即此也。今谓之射阳湖。
射阳湖古称射陂，当年吴王开邗沟路，便开通了长江通往射阳湖的水道。西汉时期射阳湖作为封地分给广陵王，后因其获罪而分给了贫民。唐大历三年，射阳湖与洪泽并置官屯。后因田地收成不济而被停废。
所以，汉唐时期人们就一直在射阳湖周边进行农业生产，但这些农业活动，并未对射阳湖演变造成实质性的影响，直到宋元时期，它依然保持有方圆三百里的水面。范仲淹形容射阳湖曰：渺渺指平湖，烟波极望初。
放眼望去，此时射阳湖的面积依旧很大。宋《太平寰宇记》描述：“射阳湖长三百里，阔三十里。”而且射阳湖南北浅狭，东西广深，为群川之委流，东达于海。《乾隆江南通志》载：“淮安府西侧射阳湖与山阳界，纳诸邑及高宝之水注于海。”射阳湖汇聚众流，东注于海，面积之广，可想而知。
明以前的射阳湖湖泊形态较为稳定，受黄河影响较小。虽然宋元时期在一定程度上受到了黄河夺淮的影响，湖底有所淤垫，但并不明显，其作用依然显著。
作为里下河区域最大的湖泊，可充分发挥其滞洪和调节区域水量的作用，丰水之年可以容纳各地多余之水，以使地方免于水灾侵害；遇到干旱之年又可为农田灌溉提供水源，保障地方农业生产。此外，湖水潆流，不湮不废，沃原膏壤。湖区周围土壤肥沃，为里下河农业的发展提供了便利的条件。
明清时期，区域水文环境改变，射阳湖也受其影响，发生了明显的变化。每当伏秋之间，淮黄高涨，淮被黄遏，周旋而不得出，清口以上汇而成洪泽等湖，则高堰危。
故堰南有高良涧、周家桥二闸，泄水东入高宝、白马等湖，高宝湖东通运河，南从瓜仪而入长江，而地势微昂，宣泄不及，则运河堤危，故运河东岸有泾河、子婴、金湾等闸，泄水东下射阳、广洋等湖入海，此运河与诸湖之形势也。
黄、淮泛滥，迫使洪泽湖之水经常溃决高家堰，而东排之水先流入高宝诸湖，后大部流入运河，再由运河之减河东排入射阳湖，最终排泄入海。所以明清时期射阳湖承载着运西诸湖，及运河排水的重任，是运河以东的水壑。
从理论上来说，运西诸湖之水大量排入射阳湖，射阳湖的面积应该越来越大才对，但实际上射阳的水面却是逐渐缩小的。
运西诸湖之水大部来自黄河，泥沙含量大，所以先淤积于运西诸湖，次及运河，再次则是射阳湖。大河南徙，黄淮合流，浊沙分注，而夹耶等湖先淤，明永乐间平江伯陈宣改运道，由淮安迳达黄浦不复经射阳湖。迨嘉、隆间河患日剧，填淤日远，西北入淮之迹不复可考，而射阳湖亦渐受淤。
嘉、隆间黄、淮开始高涨，溃决湖堤，致使潮沙随洪水一起涌入下河，所以射阳湖自隆庆中洪水南奔，湖身垫高淤浅四平。万历时期情况更甚，如万历三年，高堰复决，于是山、盐、高、宝、兴、泰诸处，悉为巨浸。运西所排之水含沙量极大，这直接促使了射阳湖的淤垫。
此外，万历时期进行的分黄导淮之术，促使黄河泥沙直入射阳湖，以致明后期射阳湖淤塞的情况数不胜数。天启、崇祯间范家口、苏家嘴、柳甫湾、建义诸口先后决溢，湖身半成平陆，而由湖入海之旧渠遂被以射湖之名。
入清后，射阳湖淤垫的形势愈加严重。高邮人王永吉在其《重浚射阳湖议》中指出：“射阳一湖全然淤垫，中间隔断，上下不通，虽有海口，水不动注。病漕害民，根在此也。”
康熙四十年，总河张鹏翮依然提议，引清水由三叉河至文华寺入运河，以济运道。倘若运河水大，山阳一带由泾、涧二河泄水入射阳湖下河，宝应一带由子婴沟泄水入射阳湖下海，更加速了射阳湖的淤浅。
政府为了保护运河，明时运堤上就设了很多泄水闸，到清时更是形成了归海五坝。运河向东泄水的能力增强，也意味着射阳湖的淤浅速度加快。
乾隆郡志所谓以入海之河为射阳湖，而湖身之犹存者名为马家荡是也，昔之射阳湖渐被所及，湮没无传。乾隆时期修地方志时，误将射阳湖的入海河道射阳河说成射阳湖，其实当时射阳湖的湖身只剩马家荡了。
湖面淤积后，涸出之地十分肥沃，很快遭到围垦。所以滨湖之地，平田息壤，规方数千里，有潮汐以聚其气，有沮洳以流其恶，有稻蟹、鱼菱以脂其膏。清末射阳湖淤为浅荡，其中较大的有马家荡、九里荡等，残存部分变成了狭长的带状河道湖泊，现今能看到的也只是些零星水面了。
明清时期，黄河泛滥之水，不只是通过高家堰下泄入射阳湖，有时也会倒灌入运河，或直接泛滥至射阳湖区，而射阳湖所在地区，更是直接沦为了里运河及其以西诸湖泊的水壑，这也是造成射阳湖消亡的根本原因。
湖泊的消亡，不仅给生态环境带来了不良影响，还减弱了区域抗涝防灾的能力，加剧了水旱灾害发生的频率，进而直接影响了区域农业的发展。